Tên của ông được đặt tên cho các đường phố: ở quận Đống Đa, Hà Nội; ở Quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh; ở thành phố Hạ Long và ở thành phố Quy Nhơn; cho các bệnh viện: bệnh viện chống lao (TPHCM), bệnh viện đông y (Đà Lạt).

Một trường Đại học Y khoa của Thành phố Hồ Chí Minh là Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch được thành lập trên cơ sở Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng Cán bộ Y tế thành phố Hồ Chí Minh.[8]